2017年,地球受到Blue的袭击,只有不到一千万人能逃到瑟坎多亚斯特号(而且只有经过挑选的人才有优先权登陆),而且将抛弃在地球上的人视为“已死亡”。2029年,部队在地球上发现了sleeper的相关资料。2031年,经研究后得知sleeper的秘密,并打算利用他们进行反击,随后实行回收sleeper的计划。 在国立免疫研究所经过与Blue的战斗后,格兰素小队成功救出sleeper的幸存者祐司,便立即前往太空港准备返回瑟坎多亚斯特号。但在太空港遭到Blue的袭击,形势不利下被迫放弃太空港,负伤的队长罗伯特带领仅存的队员裘依、玛琳,还有祐司乘回收机逃离,准备前往韩国与当地回收队汇合······祐司为了不想成为负担,要求参加战斗。很快,在裘依和玛琳教导下掌握了一定技巧,并与裘依成为朋友······